Índios Cariris, em época remota, teriam subido o Rio São Francisco, movidos pelo temor à aproximação dos brancos pelo litoral brasileiro e acossados pelas tribos vizinhas. Aportando na área hoje compreendida pelo município de Pirapora, fixaram-se defronte à corredeira, estabelecendo sua aldeia justamente no local onde atualmente situa-se a Praça Cariris – Centro.
Foram sucessivamente chegando à localidade alguns poucos garimpeiros, pescadores, pequenos criadores de gado e aventureiros que, residindo em casinhas de enchimento, cobertas de palha de buriti, construídas segundo a influência indígena, se dedicavam às diversas atividades. Destas, a de maior relevância era a pesca, sendo comercializado o peixe secado em varais, com tropeiros que demandavam outras regiões. Estes moradores pioneiros foram paulatinamente radicando-se à localidade, exercendo e desenvolvendo suas funções, constituindo suas famílias e, por fim, fixando suas residências, em definitivo, na região.
Não há maiores notícias sobre a plena instalação do distrito de Pirapora criado em 1861. Mas, doze anos depois, a Lei Provincial nº 1.996, de 14 de novembro de 1873, agregou ao município de Jequitaí toda a região de Pirapora e de São Gonçalo das Tabocas, além da própria sede, Vila de Nossa Senhora do Bom Sucesso e Almas de Guaicuí, que perdeu a condição de vila e voltou a ser um arraial.
Antes do século XX, somente barcos e canoas se davam o trabalho de chegar até o arraial de São Gonçalo de Pirapora. A navegação a vapor pelo São Francisco começara em 1871, mas somente a partir de 1902 foi que os vapores “Saldanha Marinho” e “Mata Machado” iniciaram o tráfego regular com o nosso arraial. Em 1894, a Companhia Cedro e Cachoeira, de Curvelo, por decisão de seus diretores Pacífico Gonçalves da Silva Mascarenhas, Aristides José Mascarenhas e Antônio Diniz Mascarenhas, resolveu olhar para aquele distritozinho que mal engatinhava.
E, com a visão própria dos que sabem abrir caminhos, começou por determinar a construção de um grande depósito para estocagem de algodão em rama e venda de tecidos. Ia começar uma nova fase na vida do lugar. Pirapora nunca mais voltaria a ser a mesma. Através da Lei nº 556, de 30 de agosto de 1911, é criado o Município de São Gonçalo das Tabocas e no dia 1º de junho de 1912, a vila é elevada à condição de cidade, sendo desmembrada do município de Curvelo. Em 1923, foi alterada a denominação da cidade, que ao invés de São Gonçalo das Tabocas passou a chamar-se Pirapora.
Em 1950, Pirapora contava com os Distritos de Buritizeiro, Guaicuí, Lassance e Várzea da Palma e com uma população de 30.000 habitantes. A partir de 1962, estes distritos já estavam emancipados e a Administração política de Pirapora ficou restrita à sua sede, com área de 581 km². Desde a época do Império, constava dos planos governamentais a ligação ferroviária do Rio de Janeiro a Belém do Pará.
Em suas primeiras viagens, os vagões de carga trouxeram material para o início da construção, em 1920, da ponte metálica que cruzaria o Rio São Francisco. De imediato, foi construído o ramal ligando a estação ao porto. Em 1922, os trilhos atravessaram a ponte. Em 1982, chegariam ao Distrito Industrial.
Por muitos e muitos anos, foi a estrada de ferro quase que o único meio de transporte e comunicação com os grandes centros urbanos do Centro-Sul do país. Transportando cargas e passageiros, foi um dos mais decisivos fatores de progresso da comunidade. Toda casa comercial fazia questão de acrescentar, após o endereço, a expressão EFCB – Estrada de Ferro Central do Brasil. Melancolicamente, Pirapora viu partir, em 1978, o seu último trem de passageiros. Em 1913, começou a funcionar a primeira rede de abastecimento de água tratada e foi instalada a primeira rede de telefones urbanos da cidade. Em 1914, começou a funcionar a usina de lenha para fornecimento de energia elétrica à população.
Em 1955, na forma de convênio firmado entre a Prefeitura e o Serviço de Saúde Pública – SESP, foi criado o SAAE – Serviço Autônomo de Água e Esgoto, que administra até hoje o tratamento e a distribuição de água no município.
Graças às articulações do Deputado José Maria de Alkimim, 98.000 km² de terras do Norte de Minas, incluindo Pirapora, foram agregados à área de 1.549.000 km² dos estados nordestinos. Essa inclusão do município na área da ADENE (antiga SUDENE) foi um passo decisivo rumo à industrialização e ao crescimento socioeconômico da cidade. Em 1961, foi aprovada a lei que dispunha sobre a extensão, para todo o Norte do Estado, da rede de Três Marias. Concluída a construção da linha, Pirapora passou a ser servida pela energia elétrica da CEMIG, a partir de 15 de janeiro de 1965.
Em 24 de janeiro de 1963, foi constituída em assembleia geral a FRANAVE – Companhia de Navegação do São Francisco, sociedade de economia mista. Em 1964, foi criada a Cidade Industrial de Pirapora, posteriormente denominada Distrito Industrial. Em 1975, foi criada a CODEVASF – Companhia de Desenvolvimento do Vale do São Francisco, com a incumbência de cuidar da irrigação e da implantação de projetos na Bacia do São Francisco.
No ano de 1978, o Projeto Piloto de Irrigação de Pirapora, situado às margens da BR-365, a 18 km do Centro, foi instalado num terreno de 1.500 hectares. A maior parte de sua área viria a ser explorada por colonos da Cooperativa Agrícola de Cotia, ficando a menor parte entregue à empresa FRUTITROP – Frutas Tropicais S.A, do grupo Floresta Minas, beneficiária de incentivos fiscais. Ambas sucedidas pela CAP – Cooperativa Agrícola de Pirapora.
O projeto possibilitou a produção em larga escala de uva, mamão, pepino, feijão, abóbora, melancia e manga, fazendo do município um dos maiores produtores de frutas de Minas Gerais.
De grande amplitude foi a integração havida entre Pirapora e a navegação, já que esta, durante muitos anos, foi o maior empreendimento presente na história da cidade. A navegação do São Francisco, iniciada em 1871, ocupou, por décadas, o trabalho e a vida de boa parte da população — proporcionando sustento, cidadania e realização de sonhos.
A inserção do município no contexto regional, estadual e nacional é sintetizada na frase: “Pirapora: um Porto na História de Minas”.